O Prof. Dr. José Augusto Alegria, Cónego da Sé de Évora, conhecido por vários trabalhos fundamentais para a História da Música de Portugal, sócio honorário da Sociedade Brasileira de Musicologia, publicou, no volume X do Boletim do Arquivo da Universidade de Coimbra (págs. 161-173) um artigo denominado "Comentários respeitosos à nota pastoral da Comissão Episcopal de Liturgia datada de 22 de novembro de 1985". Nesses comentários, o autor, segundo o qual a Igreja em Portugal permanecem "como verdades axiomáticas, a vulgaridade de mãos dadas com a mediocridade" (pág.162), examina detalhadamente a referida Nota Pastoral. Diz que "quando a Igreja em Portugal quis, de facto, valorizar a Liturgia com música de qualidade, fundou escolas junto das catedrais e dos mosteiros nas quais recolhia os aprendizes da arte, fornecendo-lhes o respectivo ensino perfeitamente disciplinado e protegido com regulamentos, alguns dos quais nos são conhecidos revelando o altíssimo conceito em que, nesses tempos, era tida a função da Liturgia. (pág.164)
O autor corrige a Nota Pastoral: "O que já não é de todo correcto é a referência aos nossos seminários apontados como alfobres do ensino da música quando a verdade, salvo honrosas excepções, é totalmente ao contrário". (pág.165) Segundo ele, "o que aconteceu também em Portugal, foi exactamente o contrário do estabelecido na letra e no espírito do articulado conciliar. (...) Todos foram juízes competentes na matéria, introduzindo, ao arrepio de toda a prática musical nas igrejas, os mais variados instrumentos (...). Aproveitando o silêncio da Autoridade, deu-se início ao reinado das violas que passaram em muitos seminários e casas religiosas, a ser o instrumento por excelência na prática da Liturgia (...). Mas, como era novidade e assumia uma forma de contestação da Tradição da Igreja, o processo violeiro propagou-se perfeitamente à vontade acompanhado de livrinhos, impressos ou policopiados com o título bizarro de Ritmos Religiosos destinados à cobertura de todas as ocorrências litúrgicas" (pág. 170). O autor recorda que "só a colecção Portugaliae Musica da Fundação Calouste Gulbenkian, já fez publicar até agora, nada menos do que 2774 (...) páginas de música litúrgica de autores portugueses! E todo este monumental acervo de música, pelos vistos, está condenado às salas de concerto e classificado como impróprio para o uso de tão badalado Povo Cristão (...) (pág.172). Em novo trabalho, ainda a ser publicado, o Con. José Augusto Alegria analisa as falsas interpretações de conceitos que levaram à atual situação calamitosa da música nas igrejas de Portugal. Entre os conceitos errôneamente interpretados está o conceito de "Povo", no qual misturou-se indevidamente conceitos bíblicos (Povo de Deus) com concepções sociológicas.